Cette école professionnelle est le résultat de la synergie de deux institutions, et de la mise en commun de deux savoir-faire; son organisation générale procède de ce même schéma:

L'école professionnelle de Jazz et de Musique improvisée est dirigée par une commission composée de quatre personnes: un représentant de l'AMR en tant qu'institution, le coordinateur des Ateliers de l'AMR, le doyen de l'école de jazz du CPM et un représentant des professeurs de l'école de jazz du CPM. Ce comité est présidé par l'un de ses membres, en l'occurrence M. Olivier Magnenat, ancien président de l'AMR.

La commission est responsable de l'ensemble des décisions concernant la pédagogie, de la gestion des cursus et de l'organisation des examens. Il doit en revanche en référer à ses autorités tutélaires respectives pour ce qui concerne l'administration (à savoir la direction du CPM d'un côté et le comité de l'AMR de l'autre). Le siège social de l'école professionnelle est le même que celui du CPM, et les administrations respectives travaillent en parallèle selon un système simplifié.

Les cours sont répartis entre les deux institutions, géographiquement aussi bien que didactiquement, en accord avec les principes de non-concurrence décrits plus loin, et les disciplines manquantes au programme général ont été rajoutées de part et d'autre en fonction des possibilités respectives.

L'école professionnelle de jazz et de musique improvisée est en cours de supervision par la SSPM afin d'être reconnue sur le plan national.